José Antonio es miembro del Grupo de Investigación en Sanidad y Biotecnología (SaBio) del Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos (IREC – CSIC, UCLM, JCCM), dentro del cual estudia los procesos evolutivos y ecológicos asociados con la hibridación, la especiación y la domesticación para entender la biología y las dinámicas poblacionales de las especies.

Actualmente, participa en el Proyecto Europeo ENETWILD, que tiene como principal objetivo recopilar información sobre la distribución geográfica, abundancia y estructura poblacional de las especies de mamíferos silvestres, con especial relevancia de aquellas vinculadas con la salud del ganado y la salud humana.